基因组流行病学是监测导致疾病的病原体（细菌）基因组成的过程。这有助于科学家了解两种或多种病原体在基因层面上的相似或不同之处。
Virginia州卫生部的流行病学家与公共卫生实验室的科学家合作，监测导致某些可报告疾病的病原体的基因组数据。被称为基因组测序的实验室程序帮助我们做到这一点。当两人或两人以上感染密切相关的病原体时，这可能意味着他们共同接触过该病原体。这有助于我们更早地发现疫情，并改善我们对传染病的公共卫生应对。
公共卫生应用
- 早期疫情检测和调查。 基因组数据有助于检测疾病爆发。如果感染病原体密切相关，则表明病例可能是同一次疫情的一部分。疫情应对和调查可能更早开始 使用此信息。
- 识别传输链路。 基因组数据提供了有关感染病原体的相似性或差异性的信息。这可以帮助公共卫生部门了解两例或多例疾病是否可能具有共同的传播途径（称为传播环节）。
- 识别或确认暴露源。 基因组数据提供了有关导致疾病的病原体的详细信息。如果感染病原体密切相关，这表明病例可能具有共同的接触源。这可能包括识别导致人们生病的常见食物或环境暴露。
- 提高对疾病位置和空间分布的了解。 基因组数据可以提供有关疾病地理传播方式的重要信息。这有助于将不同地点发生的病例或疫情联系起来。