美国环境保护局 (EPA) 尚未确定饮用水中军团菌的最高污染物含量，也不要求对军团菌进行分析。 EPA 的《使用地表水源的公共供水系统过滤和消毒要求合规指导手册》指出：
市政供水的消毒处理要求被认为至少能减少3 log 的军团菌。不过，由于交叉连接以及在安装和维修水管期间，配水系统中可能会出现一些再污染现象。据推测，从这些来源进入建筑物的军团菌浓度较低，可能会在热水系统中定植并重新生长。
在整个输水系统中保持令人满意的消毒剂残留量对于控制军团菌和相关生物膜至关重要。控制军团菌所需的消毒剂残留量可能高于监管规定的最低值，建筑物内的消毒剂残留量可能远低于输水系统内的消毒剂残留量。鼓励自来水厂业主与建筑物业主合作，确定大型或高风险设施控制军团菌所需的消毒剂残留量。
美国环保署已制定了饮用水零生物的最大污染物水平目标 (MCLG)。MCLG 是一项不可强制执行的指南，它仅基于对可能的健康风险的评估，并考虑到了公共安全范围。